书院教育对丛林制度的借鉴既包括教育方式、教育内容等内在方面，又包括人事制度、管理制度等外在方面。在教育方法上，书院教学灵活多样，生动活泼，与以往官学程序化的教育方式大不相同，更为接近禅宗学人的接引方式。佛教在讲经时一直存在着质疑问难的传统，唐代寺院依然如此，丛林的这种教育方式影响到了书院。而以传授理学为主的书院为了修心养性，上穷天理，提倡静坐，这与佛教的影响也是分不开的。