书院是中国古代特有的教育组织，是宋代以后民间教育的重要形式。书院之名虽然出现于唐，但唐代的书院类似于后世的馆阁，并非教育机构。作为民间讲学基地的书院出现于五代。北宋时期，以理学家为代表的知识阶层为了重振儒家文化，有意识地兴办书院。但当时儒家官学衰微，且与书院性质不同，无法为书院建设提供参照，而禅宗丛林制度在维持禅林纲纪上发挥了重要作用，有为书院建设提供借镜的条件。

书院的兴起受到了禅宗丛林的影响。首先，从功能上看，书院和寺院性质相似，均是以教育生徒为特征，以传道授“业”为目的，是具有自发性的教育组织。丛林为禅宗佛教徒潜心求道之所，而书院在理学家的精心经营下，也成为传承儒家“道统”的场所。其次，书院的产生与晚唐五代士子读书寺院之风具有直接关系。士子在幽静偏远之寺院静心读书已经形成传统，这对书院选址很有启发，宋代书院便多建于风景秀丽之名山。再次，许多书院是在寺院的旧址上扩建或新建的，如宋初岳麓山寺庙林立，僧人智漩等“念唐末五季湖南偏僻，风化陵夷，习俗暴恶，思见儒者之道，乃割地建屋，以居士类”，岳麓书院便肇始于此。因此之故，书院建筑也多仿自丛林。

宋代书院的兴起始于范仲淹执掌南都府学，特别是庆历新政之后，在北宋盛极一时。这时出现了四大书院的说法。到了南宋更盛，各延大儒主持，成为理学书院。北宋时，以讲学为主的书院日渐增多。南宋时随理学的发展，书院逐渐成为学派活动的场所。宋代最著名的有四大书院：河南商丘的应天府书院、湖南长沙的岳麓书院、江西庐山的白鹿洞书院、河南登封的嵩阳书院。书院大多是自筹经费，建造校舍。教学采取自学、共同讲习和教师指导相结合的形式进行，以自学为主。它的特点就是为了教育、培养人的学问和德性，而不是为了应试获取功名。

元朝书院制度更为兴盛，专讲程朱之学，并供祀两宋理学家。明朝初年书院转衰，直到王阳明出，书院再度兴盛。随后书院因批评时政，遭当道之忌，明世宗、张居正皆曾毁书院，尤其是东林书院事件，魏忠贤尽毁天下书院，书院乃大没落。明代无锡有“东林书院”，曾培养了杨涟、左光斗等一批不畏阉党权势、正直刚硬的士人，他们被称为“东林党”。明代书院发展到一千两百多所，但其中有些是官办书院。一些私立书院自由讲学，抨击时弊，成为思想舆论和政治活动场所。最著名的有江苏无锡东林书院。明朝统制阶级曾先后4次毁禁书院，然而书院有着顽强的生命力，多次毁而不绝，在严酷的政治压迫下，书院师生宁死不屈。东林书院的对联写道：“风声雨声读书声，声声入耳；家事国事天下事，事事关心。”

清代书院达2000余所，但官学化也达到了极点，大部分书院与官学无异，如张之洞在武昌建立的两湖书院、广州越秀书院等等。到了光绪二十七年（1901年）诏令各省的书院改为大学堂，各府、厅、直隶州的书院改为中学堂，各州县的书院改为小学堂。至此，书院退出了历史舞台。

自民国年代起在香港、台湾均有不同学校称作“书院”，但已与古代的书院有所出入。 [5]粤秀书院是康熙四十九年清廷御批的官办学院，为清代广州四大书院之首。粤秀书院复建于越秀山群岭怀抱之中。为重续文脉，承继道统，书院结合现代人需求，恢复书院讲学、研究、藏书等功能。“以文会友，以友辅仁”，师友在幽静典雅的书院激发思想，成就人生，服务社会。承传“立德、立言、立功，士先立志：有猷、有为、有守，学必有师”的教育目标并继续发扬光大。香港中文大学是香港唯一“书院联邦制大学”，所有学生及教职员除了有各学术学科上之学院（Faculty），尚会各自隶属其中一间“书院（College）”；书院负责专业学科以外之事宜，如通识教育、宿舍、辅导、奖学金等。

当代中国书院纷纷举起，大多是国学培育、书画交流之所。规划较大且设施、内容较完善的书院有安徽西庐书院。